故事的开篇設在了风景怡人的和平镇，玩家化身一名妖怪训练师，从故乡出发踏上了收集徽章、挑战精英四和成为口袋妖怪大师的旅程。初始的宁静只是暴风雨前的宁静，随着故事的逐渐推进，隐藏的秘密也逐渐浮现。
玩家刚接触到的口袋妖怪中心充满了祥和，然而这一切很快因为一个小小的意外被打破。游戏一开始就出现了一起口袋妖怪失窃事件，震惊了整个和平镇。这不仅为玩家营造了一种危机感，更是为后续的故事发展埋下了伏笔。这件事情的真相直到后期游戏才完全展现出来，玩家在旅途中不断遭遇这位神秘的口袋妖怪小偷，他的身份和目的都成为了推动故事发展的关键点。
随着玩家与自己的口袋妖怪伙伴踏上旅程，各个城市中的道馆挑战成为了必经之路。每座城市不但有着不同的环境和设计，每个道馆馆主和他们的口袋妖怪队伍也有着独特的性格和战斗风格。玩家需要通过自己的智慧和策略去克服他们，获取徽章。每获得一枚徽章，就意味着玩家又向成为口袋妖怪大师迈进了一步。
《口袋妖怪金版》的游戏世界并不仅限于显而易见的城市与道馆。在传统的徽章收集旅程之外，玩家还可以探索不可思议的森林、挑战隐藏的塔楼和洞穴。在这些看似偏远的地方，隐藏着游戏的秘密和珍稀的口袋妖怪。这些区域的设计不仅丰富了游戏的内容，也为剧情增添许多神秘色彩。
在游戏的探索过程中，玩家有机会遇到传说中的口袋妖怪。这些神秘而强大的生物对于整个剧情有着举足轻重的影响。从守护森林的时拉比到超越时间的盖欧卡与固拉多，这些遭遇不仅让玩家体验到了惊险与挑战，更让他们感受到了游戏深厚的背景故事和文化底蕴。
在《口袋妖怪金版》的世界中，玩家不仅仅是要与道馆馆主和其他训练师对抗。隐藏在幕后的黑暗组织——火箭队，其邪恶计划渐渐浮出水面。玩家需要打败他们，解救遭受威胁的口袋妖怪，捍卫整个地区的和平。这些与火箭队的战斗，构成了游戏中高潮迭起的剧情转折，让整个旅程充满未知和紧张感。
